Beispiele für Proteinfunktionen sind: Transport von Sauerstoff von der Lunge zu den Muskeln (Hämoglobin), Muskeldehnung (Titin), Katalyse von biochemischen Reaktionen (Enzyme) und Erkennung von viralen Erregern (Antikörper). Einige dieser Funktionen sind allen Lebewesen gemeinsam, von Bakterien und Algen bis hin zum Menschen.
Wichtig ist, dass sowohl die Proteinfaltung als auch die Protein/Protein- und Protein/Liganden-Erkennung durch nicht-kovalente Wechselwirkungen (Elektrostatik und van der Waals) und den hydrophoben Effekt gesteuert werden. Die Proteinaggregation ist assoziiert mit häufigen neurodegenerativen Erkrankungen, wie der Alzheimer- und Parkinson-Krankheit. Die Mechanismen der Aggregation und die toxischen Spezies sind nicht bekannt, was die Entwicklung von Medikamenten zur Bekämpfung dieser schrecklichen Krankheiten behindert.
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